I simplicia medicamenta, hanno rappresentato a partire dal Medioevo la base per l'armonia e la cura del corpo umano: molti avevano origini vegetali che erano coltivati negli orti in piccole aiuole di forma geometrica. Questo spazio, attualmente ospita dei Cipressi orientali e delle piante di Alloro, sarà allestito, sempre in forma di aiuole rialzate fruibili e coltivate, con piante officinali e medicamentose pluriennali. Sarà lasciato un Cipresso orientale, del gruppo di sette presenti e di cui 5 morti o deperienti, e un Alloro del gruppo già presente nel sito. Dato che questa porzione di giardino non è fruibile da tutti a causa della presenza delle scale in essa saranno sviluppati applicativi multimediali di ausilio alla visita dai quali poter ricevere i contenuti della visita.

Dall'ortofrutteto, attraverso una scalinata in pietra esistente, è possibile accedere all'Orto dei semplici. Quest'area dell'estensione di circa 260 m2 ospiterà, mediante un disegno geometrico regolare derivato dalla suddivisione del perimetro esterno a scale decrescenti, dodici aiuole rialzate in cui coltivare altrettante specie di simplicia medicamenta.
Il dodici nel Medioevo è sempre stato considerato un numero di alta simbologia: è il 4 ripetuto 3 volte o il 3 ripetuto 4 volte. Quindi è il numero della manifestazione totale dato che il 3 è il numero divino e il 4 simboleggia la terra. Il dodici è il numero fondamentale nella tradizione biblico-evangelica; l'Albero della vita descritto nella nuova Gerusalemme darà dodici raccolti, uno per mese. Il dodici nell'antichità era il numero anfizionico per eccellenza (lega, alleanza politico-religiosa). Dodici sono i mesi dell'anno e il 12 nel significato simbolico contiene oltre il 3 (1+2) e il 4 (2+2), anche il 5
(2+3), simbolo della natura femminile e quindi della pluralità (è la sommatoria di 3+4+5). Il 12 ha anche un alto valore alchemico derivante dal 4 e dal 3: la moltiplicazione dei quattro elementi vitali (terra, fuoco, aria acqua) per i tre elementi minerali (zolfo, sale, mercurio) origina il segreto della sostanza di tutte le cose. Tra i tanti significati possibili che si potevano attribuire alle dodici aiuole del Paradiso terrestre, è stato scelto, non a caso, quello dello zodiaco, cioè quello astrale. Ogni singolo settore corrisponde ad un segno zodiacale, che si individua dal relativo segno
geomantico.
L'aiuola centrale ospiterà un esemplare di Cipresso orientale (Cupressus sempervirens var. horientalis) unica pianta mantenuta dell'originario gruppo di 7 esemplari per la maggior parte morti o fortemente compromessi.
I semplici che saranno coltivati verranno rappresentati da: